Utenos rajone organizuoto futbolo tradicijos siekia beveik 100 metų.
Istorikas G.Kalinauskas knygoje „Ąžuolo šaknys“ pasakoja, jog pirmoji organizuoto futbolo dvikova veikiausia įvyko 1924 m., kai Užpaliuose žaidė šaulių būrių futbolo komandos. Utenos inteligentų klubas „Utenis“ užregistruotas 1933 m. pradžioje.
Tais pačiais metais, rugsėjo 3 d. įvyko ir pirmosios klubo futbolo komandos rungtynės Zarasuose su vietos ekipa. Po atkaklios kovos 1:0 nugalėjo uteniškiai.
Pokariu Utenos futbolo bendruomenė išaugino vieną geriausių visų laikų Lietuvos futbolininkų Stanislovą Ramelį, kuris net 14 sezonų gynė Vilniaus „Žalgirio“ komandos garbę.
1969 m. „Utenis“ laimėjo „Nemuno“ pirmenybių bronzos medalius, o 1978 m. tapo čempionais.
Reprezentacinė Utenos miesto komanda nuo 1979 m. iki 1987 m. su poros sezonų pertrauka žaidė LTSR aukščiausioje lygoje.
Po nepriklausomybės atkūrimo komanda blaškėsi tarp antrojo (I lyga) ir trečiojo diviziono (II lyga). Per šį laikotarpį komandoje rungtyniavo ir Utenos vardą garsino tokie žaidėjai kaip: Ričardas Zdančius, Vidmantas Vyšniauskas, Egidijus Varnas ir kiti.
Po 2008 m. sezono iki 2014 m. „Utenis“ nežaidė I lygoje. Pora sezonų ekipa praleido III lygoje, vėliau apskritai trumpam išnyko.
Impulsą „Utenio“ komandos atsikūrimui suteikė stadiono rekonstrukcija.
Stadiono rekonstrukcijai skirta per 20 milijonų litų. Įrengtas stadionas su 3000 vietų, treniruočių aikštėmis, suteikė galimybę reprezentacinei Utenos miesto komandai pradėti naują istorijos puslapį.
2013 m. pabaigoje atkurtas futbolo klubas „Utenos Utenis“. Patyrusių ir vietinių žaidėjų ekipą subūręs „Utenis“ startavo 2014 m. LFF I lygos pirmenybėse ir iškovojo bronzos medalius. Pradėta kurti profesionalaus futbolo klubo struktūra su komandomis nuo mažiausių vaikų iki vyrų komandos.
Nuo 2015 m. iki 2017 m. tris sezonus vyrų komanda rungėsi jau A lygoje, o 2017 m. suburta ir merginų komanda, kuri 2018 m. debiutavo Lietuvos moterų I lygos pirmenybėse.
2018 m. LFF apdovanojimų šventėje „Utenos Utenis“ buvo pripažintas geriausiu masinio futbolo (bendruomenės) klubu Lietuvoje.
Šiuo metu vyrų komanda, kurią sudaro vien tik Utenos rajono ir Utenos apskrities futbolininkai dalyvauja Lietuvos II lygos Pietų regiono pirmenybėse, o taip pat, regiono futbolininkių pagrindu suburta moterų ekipa antrą sezoną žaidžia Lietuvos moterų A lygoje.
Atsikūręs „Utenis“ pirmą kartą istorijoje sukūrę ir pilną klubo struktūrą, kurios pamatas – „Utenio akademija“. Joje treniruojasi berniukai ir mergaitės nuo 6 iki 16 metų, jai vadovauja specialistas iš Danijos Carsten Dohm. Pagal ilgalaikę klubo strategiją, vyresni moksleiviai jau žaidžia suaugusiųjų komandose.